吳又可從年輕時就開始行醫天下，在瘟疫(傳染病)防治方面頗有成就。
明朝崇禎後期，饑荒肆虐、瘟疫流行，李自成張獻忠接竿造反，全國陷入天災人禍的混亂中。崇禎十五年(1642年)，全國瘟疫蔓延。南北直隸、山東、浙江等地大疫，五六月間益盛。一巷百餘家，無一家僅免，一門數十口，無一僅存者。各地醫病郎中普遍用治療外感病的方法，或用治療傷寒的方法治療，或妄用峻攻祛邪之劑予以治療，均無效果，致使病情不斷發展，各地枉死者不可勝數。
吳又可不顧危險，親自到災區考察疫情，積累第一手資料，決心探明究竟。他追尋病源，潛心研究，依據畢生的治疫經驗和體會，撰寫出全新的瘟疫論一書，大膽提出癘氣致病之學說，不僅開中國傳染病學研究之先河。也在世界醫治傳染病學上成為偉大創舉，因此贏得後世廣泛尊重。
吳有性強調，溫疫的特點：「非風非寒，非暑非濕，非六淫之邪外侵，而是由於天地間存在有一種異氣感人而至，與傷寒病絕然不同。」不論從病因、病機到診斷、治療均有區別，必須與傷寒病分開另論。吳又可堅定認為，癘氣是雜氣中之一，每年都存在。癘氣的存在盛衰多少，與地區、四時與歲運有關。感受疫癘之氣之後，可使老少俱病。今天看來，吳又可所說的癘氣，無疑就是病毒。
吳又可詳細分析了瘟疫侵犯途徑、傳染方式和流行特點。他確定，溫疫癘氣侵犯人體的途徑，當是從口鼻而入。其侵犯部位既不在表，也不在裡，而是由口鼻侵入，停留在半表半裡之間，此處稱為膜原。吳又可所說的膜原，是說明溫疫之邪在人體之內，有著外可連於表，內可入於裡的特點。
他指出，瘟疫之病所以用治外感病的方法治療不得痊癒，就是因為此病邪的部位，不同於一般外感病的在表或在裡，而是在於半表半裡的膜原，這個部位是一般藥物所不能到達的。由於其既連表又連裡，癘氣盛時，則可出表或入裡，這時才可根據癘氣潰散的趨勢，因勢利導予以治療。
吳又可將溫疫病的傳變從表裡兩大方面進行總結，歸納出九種傳變方式，稱為九傳。即：但表不裡、表而再表，但裡不表、裡而再裡、表裡分傳、表裡分傳再分傳、表勝於裡、裡勝於表、先表後裡、先裡後表。
他的見解，從病因學方面將溫疫與一般外感病區別開來，並與傷寒病加以區分。突破了六氣致病的傳統觀點，提出了新的傳染病病原觀點。
吳又可這些在幾百年前提出的獨到見解，已被現代醫學、微生物學所證實。
瘟疫侵襲人類，人類從古至今同瘟疫的鬥爭也一直沒有停止過。從河南安陽殷墟出土的甲骨文中，便有疾疫、疾年等文字記錄。
兩漢時期是古代對瘟疫記錄最多的時期。東漢時期暴發的毒言是漢代在熱帶地區流行的透過唾液傳播的一種皮膚性傳染病。王充在論衡言毒中對該瘟有載：「太陽之地，人民急促，促急之人口舌為毒。」
吳又可作為明代醫生，在瘟疫論書中所列瘟疫病種，與東漢時期有所區別。他列出的有發頤、大頭瘟、蝦膜瘟、瓜瓤瘟、疙瘩瘟，以及瘧疾、痢疾等急性傳染病。進而明確告訴世人，這些病都不是六淫之邪所致，而是四時不正之氣所為，其症狀與傷寒相似而實際迥異。
此前的古醫學書籍，從未對瘟疫分門別類，吳又可都一一加以分辨並作了闡述，並推出預防制方。其中著名的劑方有達原飲、三消飲等。在治療上，他提出了一整套祛邪達原理論，臨床治療收到很好的效果。他的癘氣之說，首先肯定它是一種物質，物者氣之化也，氣者物之變也，從而否定了疫病之由是非其時而有其氣的舊觀點。
吳又可還指出，癘氣是多種多樣的，有特適性的，更有偏中性的。在當時科技並不發達條件下，吳又可能提出這樣的科學見解，實屬珍貴。
面對瘟疫，不管古代還是現代，人類為控制、降低、減少瘟疫流行，都積極地做了各種努力。古代封建社會的瘟疫防治，受科學技術、社會生產力發展水準和國家財力等因素制約，抗疫救災的成效是有限的。一些落後區域，在疫情面前無可奈何的古人，還滋生出許多祈求神仙保佑等迷信荒唐行徑。
在中國歷代抗瘟疫的鬥爭中，醫生總是經奮戰在抗病的前沿，治病救人，不計較個人安危和利益，為百姓安危盡力服務。
歷史上醫家就有不為將相，偏為良醫的美德。很多名醫留下的典故，都是有關防治瘟疫的。而通過抗防治瘟疫，也造就了諸多名醫，推動了中國醫藥學的發展。
生逢亂世的吳又可身為名醫，不懼危險深入疫區，接觸病人，還提出以物遮掩口鼻的防止傳染措施，並提出透過隔離病人、焚燒屍體及病人用品等方法，以阻止疫情擴散，都實實在在收到了防控效果。
據說吳又可畢生治癒了很多傳染病患者，其中遇有難以治癒的疑難雜症，他也往往會妙手回春，出奇制勝。相傳有一天，他接待了一位重患。這位患者被認為是染了瘟疫。症狀是大便不通，脘腹脹滿，疼痛難忍，四肢強直不能動，臥如塑，目閉口張，舌強，問話不能答，脈實有力，苔生芒刺。從症狀看，病情危重。患者兒子代訴，三日來已服承氣湯三劑，每劑大黃用至一兩，病仍不減。
一般醫家，遇到此況，一定會考慮另立治方的。而吳又可則不然，他仔細權衡了患者的脈症，認為下證悉具，藥輕病重也。不但不改方劑，反而將方中大黃增至一兩五錢。結果，患者連服半月而痊癒。
1642年，吳又可在親歷各地的疫情後，首次提出瘟疫是病人中了一股癘氣，癘氣透過口鼻、人與人之間的呼吸傳播，癘氣便是瘟疫的根源。吳又可的癘氣說驚世駭俗，被有的同行斥責為巫醫。一時間，沒有人敢讓吳又可診病，當吳又可把煎好的藥遞給病人時，曾被聽信謠傳的病人一手打翻。但吳又可並不放棄自己的見解。終於，有些病人決定嘗試喝吳又可配製的湯藥，並發現服藥後的病情重者減輕，輕者轉好。很快，吳又可的學說得到了人們的認可。經過推行他的治療方法，瘟疫終於得到了有效控制。
吳又可所著瘟疫論，作為我國第一部治療傳染病的專著，給後世的貢獻和影響是巨大的。直至今天，我國中醫應用吳又可溫病學說的理、法、方、藥，治療一些傳染病，如流行性乙型腦炎、流行性感冒、麻疹、猩紅熱、痢疾等，仍十分有效。
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